Wody pochłodnicze zrzucane do Wisły będą miały wysoką temperaturę. Podgrzanie wody nawet o ułamek stopnia Celsjusza może mieć fatalne konsekwencje dla organizmów żyjących w rzece. Ten wzrost temperatury jest szczególnie niebezpieczne dla zwierząt zimnolubnych, które bardzo źle znoszą wysoką temperaturę wody. Należy do nich między innymi łosoś.
Podgrzanie wody w Dolnej Wiśle uniemożliwiłoby rybom migrację w górę rzeki i do jej dopływów, co miałoby poważne konsekwencje dla ekosystemu całej zlewni Wisły. Łososie źle znoszą już wody o temperaturze 18°C. 21°C to temperatura górnego progu tolerancji dla wędrownych ryb łososiowatych, tymczasem inwestor zakładał podniesienie temperatury w Wiśle aż do 26,5°C!
Zanieczyszczenie termiczne wody ma poważny wpływ na żywe organizmy. Zaburza naturalne procesy zachodzące w ekosystemie, wpływa na bazę pokarmową ryb, powoduje zmianę lub przesunięcie ich cykli życiowych (tarła, inkubacji ikry i wzrostu), a w konsekwencji może doprowadzić do wyginięcia wielu gatunków, sprzyja natomiast inwazji gatunków obcych. Cieplejsza woda zawiera mniej tlenu, ryby stają się bardziej podatne na zanieczyszczenia, infekcje i inne choroby, zaburzeniu ulega ich cykl migracji. Szczególnie wrażliwe są na nie wędrowne ryby zimnolubne, takie jak łosoś, które wymagają niskiej temperatury wody. Zahamowanie migracji tych ryb obserwowano już w temperaturze 18ºC, a w 25ºC zostaje ona całkowicie zatrzymana. Podniesienie temperatury wody jest szczególnie niebezpieczne w lecie i przy niskich stanach wody, kiedy strumień gorących ścieków zajmie dużą część koryta Wisły, blokując rybom możliwość swobodnego przemieszczania się.
Podwyższona temperatura sprzyja też inwazjom i adaptacji gatunków inwazyjnych, zarówno ryb jak i bezkręgowców, w tym i pasożytów. Najbardziej znany przykład z naszego najbliższego otoczenia to inwazja azjatyckiego nicienia Angulicolla crassus, który jest obarczany winą za zanik węgorza w basenie Bałtyku.
W ramach Dyrektywy 2006/44/WE określono górną, dopuszczalną granicę, do jakiej może zostać podniesiona temperatura wody w rzece zamieszkanej przez ryby łososiowate (a więc także dla Wisły). Jest to 21ºC będące jednocześnie graniczną temperaturą tolerowaną przez te ryby. Rozporządzenie ministra środowiska z 4 października 2002 roku precyzuje, że zrzut ścieków nie może podnieść temperatury wody o więcej niż 1,5ºC. Inwestor zakładał, że temperatura wody zostanie podniesiona aż o 2ºC, maksymalnie do 26,5 ºC, co jest niezgodne z polskim prawem.
Dzięki interwencji organizacji przyrodniczych GDOŚ w części unieważnił decyzję środowiskową, która zezwalała Elektrowni Północ na podniesienie temperatury wody powyżej tych wartości. Wciąż nie wiadomo jednak, w jaki sposób Elektrownia Północ zamierza spełnić te kryteria tak, aby jej funkcjonowanie nie zagroziło ekosystemowi Wisły. Przyrodnicy obawiają się, że będzie to technicznie niemożliwe.
Zagrożenie dla ryb to nie teoria naukowa. Taka tragiczna sytuacja już miała miejsce. W styczniu 2016 roku doszło do masowego śnięcia ryb w Wiśle w miejscach, gdzie gorące ścieki zrzucały do rzeki elektrownie Kozienice i Połaniec. Wszystko wskazuje na to, że nagły zrzut ukropu do lodowatej wody spowodował, że ryby padły na skutek szoku termicznego. Szacunki mówią nawet o kilkudziesięciu tonach martwych ryb z cennych gatunków. Niski stan wody w Wiśle i silne mrozy stworzyły warunki, w których temperatura wód pochłodniczych w "dopuszczalnym przedziale" okazała się zabójcza.