Odwodnienie na potrzeby budowy elektrowni spowoduje powstanie leja depresji. W wyniku kontaktu z powietrzem dochodzi do utlenienia wielu substancji znajdujących się w warstwie wodonośnej. Po zakończeniu odwodnienia i wypełnieniu się leja depresji wodą substancje te mogą znacząco zmienić skład chemiczny wód podziemnych, a w rezultacie spowodować, że woda stanie się niezdatna do użytku. Raport OOŚ dla Elektrowni Północ całkowicie pomija te kwestie.

Elektrownia może negatywnie wpłynąć także na wodę w miejscowych studniach gospodarskich.