Bałtyk jest bardzo zanieczyszczony – przez dziesięciolecia zbierał wody z rzek i zakładów przemysłowych wielu państw. Kraje nadbałtyckie podejmują starania o poprawę jakości wody w Bałtyku. Budowa kolejnej elektrowni węglowej to jeszcze jeden cios dla naszego morza.

Zanieczyszczenie termiczne rzeki może doprowadzić do wstrzymania migracji tarłowej ryb takich jak łosoś, co będzie miało wpływ na całą bałtycką populację. Także zwiększona śmiertelność tych ryb w wyniku spływu zanieczyszczeń powodować będzie spadek połowów rybackich tych gatunków w strefach połowów w całym akwenie Bałtyku.

Związki metali ciężkich nie ulegają rozkładowi, dlatego można się spodziewać, że z Wisły będą się przedostawać do Bałtyku, gdzie ujawni się ich negatywne odziaływanie na morski ekosystem. Podobnie rzecz ma się z biocydami oraz produktami ich rozkładu, które dotrą do morza, a mogą być jeszcze bardziej toksyczne niż same biocydy. Oznacza to transgraniczne oddziaływanie tych substancji. Także transport substancji odżywczych (biogenów) poprzez Wisłę do Bałtyku należy uznać za wyraźne transgraniczne oddziaływanie, co nie zostało uwzględnione w Raportach OOŚ.