Elektrownia będzie pobierać wodę bezpośrednio z Wisły. Stwarza to podwójne, śmiertelne zagrożenie dla ryb.

• Śmiertelność ryb na filtrach
  Potężna siła ssąca wodę, razem z kawałkami drewna czy śmieciami, porywa większe ryby i unieruchamia je na kratach filtrów chroniących ujęcie wody. Ryby nie mogą się uwolnić i giną.
• Śmierć w systemie chłodzącym
  Mniejszy narybek prześlizguje się przez zbyt duże otwory krat i jest zasysany do systemu chłodzącego, gdzie ginie gotowany i mielony przez pompy.

Problem zabijania ryb przez elektrownie został szeroko zbadany na całym świecie, dzięki czemu wiadomo, że może osiągać katastrofalne rozmiary. W jednej z brytyjskich elektrowni liczba młodych ryb zabitych przez system osiągnęła 56 milionów w skali roku, a na samych kratach ginęły miliony większych osobników. W USA oszacowano, że tylko na kratach ginęło od 100 tys. do 20 mln ryb na elektrownię, nie licząc narybku wsysanego do systemu, co spowodowało kolosalne straty w ekosystemach rzecznych i w efekcie ich załamanie.

Naukowcy oszacowali, że Elektrownia Północ zabije rocznie 1,5-2 mln sztuk (ok 2 ton!) narybku i młodych ryb z wszystkich 45 gatunków żyjących w Wiśle, w tym ściśle chronionych. Oznacza to katastrofę dla tych populacji.